Впервые Озёры упоминаются в 1398 года как владение князя Витовта. В XV—XVII веках — великокняжеское владение. В 1518 году Сигизмунд I отдал Озёра в аренду гродненскому старосте Юрию Радзивиллу. В соответствии с привилегиями от 1568 года князя Сигизмунда Августа в Озёрах проводились еженедельные ярмарки.

В 1676 году в Озёрах основан католический приход, в 1679 году построен деревянный костел Матери Божией Розария, вероятно на месте более старого, сгоревшего в русско-польскую войну. В 1779 году этот храм был обновлён на средства короля Станислава Августа.

В результате третьенго раздела Речи Посполитой. (1795) Озёры оказались в составе Российской империи, в Гродненском уезде. В конце XVIII века имение приобрел известный ученый, авантюрист и филантроп Михаил Валицкий. Он основал в Озерах суконную фабрику (1807) и бумажную фабрику (1809). В конце XVIII века в Озерах была построена деревянная синагога, а в начале XIX века — еврейская молитвенная школа (не сохранились).

После подавления восстания 1863-1864 годов  владелец имения граф Леопольд Валицкий за участие в восстании сослан в Сибирь и лишён имения, оно перешло в госказну. В 1878 году Озёра насчитывали 1013 жителей, среди них 508 евреев.

В начале XX века (по другим данным в 1866 году) построена каменная православная церковь Святого Духа.

По Рижскому мирному договору (1921 года) Озёры попали в состав межвоенной Польской Республики, принадлежали Гродненскому повету Белостокского воеводства.

В 1939 году Озёры вошли в состав БССР, с 1940 года — центр сельсовета. Во время Великой Отечественной войны в Озёрах нацистами было создано гетто, куда согнали 1370 евреев. Не позднее 5 марта 1943 года немцы и полицаи убили всех его узников.

Во Вторую мировую войну погибли две главные деревянные достопримечательности посёлка — католический храм Матери Божией Розария (1679) и синагога (конец XVIII века). На месте сгоревшего костёла в 1994 году был построен каменный католический храм Христа-Царя.